Тело обнаружено под окнами его квартиры на Хорошевском шоссе, где он жил с женой. Врачи скорой помощи смогли лишь констатировать его смерть. Инженер оставил предсмертную записку, в которой попросил прощения у родственников и сообщил, что причиной суицида стало состояние здоровья.
На протяжении долгих лет Смагин страдал от последствий лучевой болезни. Он перенес семь операций, а несколько дней назад нащупал новые опухоли, о чем рассказал жене. В предсмерном послании он написал, цитирует издание moscowtimes: «Лечить их нереально, да и силенок у меня не хватит на их лечение. Прошу меня простить за мой уход. Большое спасибо за совместно прожитые годы. Это было счастьем».
26 апреля 1986 года Виктор Смагин должен был заступить на смену на Чернобыльской АЭС, однако ночью там взорвался реактор. Утром инженер поехал на станцию и в числе других принимал активное участие в ликвидации последствий аварии. В результате он получил большую дозу радиации, в тяжелом состоянии был доставлен в Москву на санитарном самолете, перенес лучевую болезнь и получил инвалидность II группы. Смагин рассказывал:
«Эта авария, конечно, всем судьбу сломала. Я, например, по специальности инженер-ядерщик, окончил „Бауманку“, распределился в Припять. Мое место работы — атомная электростанция. Но после того, как я перенес лучевую болезнь, получил клеймо на всю жизнь — запрет работы в зонах ионизирующего излучения, запрет работы в ночное время, запрет командировок и еще масса ограничений. Кому нужны такие работники? Я, конечно, продолжил работать в области энергетики, но уже на административных должностях в министерстве».
